Per essere precisi lo trasferisci via ftp sovrascrivendo i vecchi file.
P.S.
Controlla! In una delle versioni intermedie è stato cambiato qualcosa nel file htaccess, quindi se hai attivato le url flriendly, ti conviene sovrascrivere e rinominare il file in questione, avendo cura eventualmente di modificare un paio di direttive se hai uno di qui hosting "particolari"
maggiori info potrai trovarle nella sezione wiki