Non è un problema di codice, si è disintallato male fabrik o un suo plugin.
Quindi occorre disinstallare "a mano".
Le tabelle di fabrik le hai già eliminate ma la tabella extensins e di joomla e li c'è sicuramente uno o più record che riguardano fabrik. Su questa tabella, piuttosto che eliminare il/i record che riguardano fabrik, puoi provare a mettere il campo enabled=0 (e come se disattivassi il plugin da pannello controllo joomla).
Poi, probabilmente trovi anche qualche record fabrik sulla tabella assets.
Per i diritti non so che dirti. Dal pannello di controlllo del tuo host non dovresti aver problemi ad elimiare modificare o aggiungere file. Inoltre, siccome fabrik e anche un componente, potresti aver la necessità di eliminare anche i file presenti nelle cartelle administrator/component e component, sempre relativi a fabrik.