guarda... vista la firma ti direi di cercare la shell che hanno caricato... il problema è che dopo tu mi chiedi .. e cos'è sta shell? e hai ragione...
in pratica, a naso, non dovresti avere malware e il db dovrebbe essere sano....
reinstalla in locale un altro joomla con i componenti che hai aggiunto e poi, sempre in locale fai lo switch dei due db... quando sei a quel punto magari riposta,... da remoto non devi scaricare nessun file solo il db ti serve.
M.
