Un template a prescindere da forma e colori è formato da "zone" le posizioni, queste insieme alla gestione dell'impaginazione dei contenuti determinano una certa forma del template.
non è una cosa che si spiega in 2 parole
la prima cosa da fare per chi è alle prime armi è quello di sviluppare un piccolo sito di prova con il template di default "beez_20", questo per prendere un po di pratica è capire il meccanismo.
il secondo passo è quello di leggerti un po di guide è discussioni sul forum, su come costruire/modificare un template.
Naturalmente completano il quadro un po di conoscenza di css, e sintassi php/html.