Per usare il SEO devi a volte editare il file .htaccess
Se vuoi usarlo nella subdirectory, guarda quello che hai nella root, copialo nella subdirectory e applica i cambiamenti che servono, quasi sempre sono i percorsi.
Comunque ti ripeto che è un lavoro inutile, infatti una volta messo nella root, dovrai rifare il lavoro inverso ( e probabilmente l'.htaccess che hai ora in root, andrà già bene)
Ciao!
