Anche se dopo molti giorni, aggiungerei che ci sono altri motivi per cui questo possa accadere.
Usando da poco la versione 2.5.x ho trovato che bisogna tenere conto di
1) Settaggi della voce Home, se utilizzata in un menu pubblicato con l'opzione "Articoli in evidenza in tutte le categorie". I settaggi della sezione "opzioni layout" influenzano l'ordine degli articoli in evidenza
2) Il settaggio delle opzioni layout delle singole categorie a cui gli articoli appartengono
Non conosco la priorità di overide tra le opzioni di tutte le voci elencate in questo thread (credo che le opzioni di default della gestione articoli abbiano la priorità più bassa), ma sarebbe bello conoscerle.
Al momento io sono a litigare con un settaggio che mi impedisce di modifcare l'ordine degli articoli in evidenza, a prescindere da quello che setto nelle varie pagine di configurazione (al momento mi è anche scomparso il floppy disk per modificare la numerazione).
Spero serva a qualcuno