Un'ultima cosa che mi è venuto in mente.
1) Dopo aver fatto le modifiche, hai svuotato la cache del browser e di joomla?
2) Se con firbug o f12 non riesci a trovare nessuna classe che imposti l'uppercase, allora prova a disabilitare Javascript dal tuo browser, e ricaricare la pagina. Se funziona allora devi trovare il file js che ti trasforma il testo.
3) Altra possibilità potrebbe essere il font utilizzato dal template. Magari per i titoli usa un font che supporta solo UPPERCASE, allora in quel caso devi cambiare il font