Ciao, hai 2 possibilità (a mio avviso).
1- installare Joomla Explorer e da li cambiare i permessi;
2- Utilizzare un'altro "gestore" di file fatto in PHP.
Per esempio nel mio web server ho installato il cPanel e tra i vari strumenti c'è anche il "Gestione File". In esso posso navigare nella web root e modificare i diritti d'accesso.
Quello che ti è capitato è successo xchè l'utente che crea i file (e ne imposta i permessi) è PHP mentre quando entri via FTP sei un utente di Apache...
(scusa la spiegazione poco tecnica

, ma spero di esser stato abbastanza chiaro e comprensibile per tutti).
Se vuoi maggiori delucidazioni in merito, cerca bene nel forum e vedrai che l'argomento è già stato ampiamente trattato...