Purtroppo il codice malevolo penso tu lo troverai solo in index del template, il sistema crea le pagine tenendo come modello appunto il template, quindi in sostanza é sempre la stessa pagina.
Ma se il problema fosse dovuto ad un SQL injection oppure un componente/modulo/plugin installato che in qualche modo permette l'intrusione attraverso un javascript ad esempio, allora la faccenda é molto più seria.
D'altraparte degli scanner online non mi fiderei molto, ad esempio il tuo sito risulta perfetto in tutto alla scansione di urlvoid che é comunque uno dei piú accreditati.
Per quanto invece riguarda la soluzione "cancellare tutto" cosí come stai procedendo non avrai la certezza di ripulire. Mi pare di aver capito che hai una vps, quindi devi chiedere il reset della macchina al provider e ricreare il sito da zero, se ricarichi il dbase o l'ftp non hai risolto nulla, lo stesso se crei una nuova cartella e reinstallato, perché? La questione che qualche giorno prima avevi un errore 500 la dice lunga. Senza denigrare nessuno esiste la possibilitá che un qualche sito residente sulla stessa macchina abbia contratto un virus e che poi si sia esteso al file system del server, creando la situazione che conosciamo. In questo momento la tua pagina é pulita e [size=78%] [/size][size=78%]a tuttora il sito lo vedo. [/size]
[size=78%]Rimane comunque il problema dell'amministrazione. [/size]
[size=78%]Se hai tempo a perdere domani in giornata mandami un messaggio promemoria e se anch'io ho del tempo da perdere vediamo di risolvere definitivamente questa faccenda. [/size]