Se dai una occhiata in giro e se dai una occhiata attenta al file htaccess, dovresti trovare tutte le indicazioni.
Dovrebbe, ad esempio esserci un punto in cui viene spiegato che occorre "decommentare" una riga immediatamente successiva nel caso in cui joomla stia in una sottocartella e inserire il percorso di joomla al posto di quello di esempio.
La riga è questa:
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^(/component/option,com)
. Prima di /component, prova ad aggiungere /home.
Stai attento, di righe identiche, ne trovi due. Una (la prima)se usi il SEF proprio di joomla e una (la seconda e dopo alcune righe) se utilizzi SEF di terze parti. Sostituisci quella corretta per le tue esigenze.
Inoltre, subito dopo "rewritebase" (riga commentata), aggiungi questa riga:
php_value include_path ".:/web/htdocs/www.midominio/home:/php/lib/php/"
(ovviamente dopo aver ripristinato il percorso nel configuration.php includendo /home/)
Se hai accesso via ftp, prova a farlo.
Dopo di che, rinomina htaccess.txt in .htaccess.
Vai sul browser. Se era ancora aperto sul tuo sito, ricarica la pagina iniziale (meglio se riavvii il browser).
Nel caso qualcosa non dovesse andare per il giusto verso, puoi sempre, via ftp, riportare tutto allo "status quo ante"