ascolta... joomla ha delle "regole" di implementazione di estensioni script modifiche di ogni tipo, se si seguono tu dovresti sempre avere i files che hai installato del pacchetto base uguali a quelli di uno stesso pacchetto che scaricheresti in qualsiasi momento (stessa versione).
Se esiste un file in uno esiste anche nell'altro e viene sovrascritto.
Stessa regola vale per i pacchetti di estensione aggiuntivi installati e per il template (che però se sovrascrivi cancelli le modifiche)
Quindi non si sovrascrivono solo i files aggiunti in altro modo o le immagini caricate
prima di ogni operazione è necessario assicurarsi di lavorare su una macchina "pulita"
M.