Non credo possa dare problemi. Sono dati dinamici per cui, eventualmente potrà dare problemi a chi un quel momento sta navigando sul sito.
Per sicurezza, fai prima un backup della tabella e poi la svuoti.
Più che altro, sarebbe da capire perchè ha raggiunto una dimensione così grande.
Cosa hai configurato nei parametri di configurazione globale del sito->sistema ?
