Dovresti essere più dettagliato nell'esposizione del quesito.
Provo a dirti qualcosa sperando ti possa aiutare.
L'attivazione del SEF va fatta per avere la riscrittura degli URL. In pratica ti permette di vedere gli indirizzi delle pagine php come se fossero delle pagine html. Serve per un fatto estetico ma soprattutto perché i motori di ricerca sono più sensibili a questi indirizzi.
Una volta attivato il SEF devi rinominare il file htaccess.txt nella cartella di Joomla in .htaccess, ma non basta, deve avere anche i permessi a 770, altrimenti ti butta fuori. Inoltre va modificato un file di configurazione del server Apache, relativamente al tuo dominio:
<Directory /pathdelsito/>
AllowOverride All
</Directory>
Un consiglio. Se vuoi usare il SEF installa il componente Artio JoomSEF.