Se hai paura di far danni fai il backup del database, in caso di problemi lo ripristini, ma come ti ho detto, se proprio quella categoria non disturba, lasciarla credo che non danneggi.
Naturalmente dipende da quando e' pesante il database, se il sito e' in linea o in locale, perche' qualche volta e' problematico ripristinarlo (in linea) se supera certe dimensioni