mmm.... crea una pagina html con quell'indirizzo che effettua un redirect 301 alla pagina reale.
esempio: crei una pagina chiamata pagina.html nella tua root con dentro il redirect 301 a index.php/pagina.html
se l'html finale non ti piace puoi creare una directory anzichè una pagina e dentro ci inserisci una pagina index.php con dentro il solito redirect 301. E' un modo per "fregare il sistema" ma non ti assicuro gli stessi risultati.
Col red. 301 stai tranquillo che google non ti fa una cicca: link pulitissimi senza nessun pericolo di penalizzazione nella serp