Ciao Frasigno, la differenza sta nel fatto che se lo storaggio dei file è gestito dal database, come è di default impostato Remository, tutti i files che vengono caricati da front-end o da back-end, vengono memorizzati dal database e trattati dallo stesso. Per la mia esperienza posso dirti che in questo caso è praticamente impossibile trovare i files fisici, molto probabilmente perchè il database li trasforma, e infatti se vai a vedere il database con phpmyadmin noterai che i files nonostante vengano indicizzati non hanno indicazione del percorso assoluto che indica il luogo fisico della loro posizione. Se invece fai gestire la memorizzazione al file system, oltre a poter indicare il percorso assoluto dell'archivio (quindi in pratica decidi tu dove devono essere memorizzati), non hai alcuna difficolta a trovarli, perchè effettivamente vengono collocati nel posto che tu indichi. Quindi in definitiva è piu conveniente usare la gestione del file system non solo per questioni di spazio, ma anche per questioni di sicurezza, in quanto se dovesse per qualche motivo non funzionare il sito o componenti dell'intero sistema, puoi sempre accedere, almeno in modalità ftp, ai files fisici.
Per quanto riguarda poi il componente Remository, è vero, è un po datato, ma è uscita da poco una nuova release che garantisce la piena compatibilità con joomla 2.5, inoltre è in continuo sviluppo. Il supporto ufficiale, se si esclude l'opzione premium, per sincerità è quasi totalmente assente, anche se il forum ufficiale vale a risolvere quasi completamente i problemi che si possono riscontrare. Poi per quanto riguarda la possibilità di gestire i permessi e le autorizzazioni al download o upload degli utenti, Remository garantisce una totale flessibilità, in pratica ti consente di fare come vuoi ( al limite per es. di stabilire che un determinato file venga scaricato da uno e uno solo degli utenti registrati).
Conosco poco gli altri componenti, so per esempio che xxxxxx è da quasi un anno a pagamento, cmq io uso Remository regolarmente, anche se ho affrontato diversi problemi, e funziona perfettamente.
Spero di esserti stato utile
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Ciao.
EDIT: rimosso riferimento commerciale.