caricare l'aggiornamento specifico come se fosse una normale estensione e su server con caratteristiche basic, è sempre meglio che fare l'aggiornamento automatico;
Il file che si scaricherebbe con l'aggiornamento automatico è bello peso e contiene tantissimi file, quindi alcuni server accuseranno problemi di time-out con le varie conseguenze di pagine bianche e problematiche varie.
procedendo come ha suggerito maicolstep, il file dell'aggiornamento contiene solo gli effettivi file che sono stati aggiornati dalla penultima versione, riducendo così il tempo di carcamento/decompressione/sovrascrittura.
da notare che il file in questione lo puoi scaricare nell'area download, ed il file è identificabile con un nome tipo:
"Aggiornamento da Joomla 3.2.0 a Joomla 3.2.1"
Questo file contiene solo i file aggiornati da una versione immediatamente precedente alla nuova
mentre un file completo si identifica da un nome tipo questo:
"Aggiornamento da Joomla 3.1.x a Joomla 3.2.1"
Questo file invece contiene tutti i file aggiornati fin dagli albori della versione e quindi più pesante.