Utilizzare dei template con la parte centrale variabile crea sempre problemi di impaginazione. Io preferisco non utilizzarli proprio per questo.
Ma mi sembra di aver capito che il problema è anche di altra natura. Con gli schermi wide, a volte viene selezionata una risoluzione sbagliata che potrebbe essere la causa di quello che dici. Ad esempio se usi una risoluzione classica 1024 x 768 su un monitor da 15.4 avrai inevitabilmente una deformazione. La prima cosa che devi vedere è quella perché la finestra del browser non può subire una deformazione.