Ciao,
mi viene un dubbio: tu hai creato un sito usando un JOOMLA "modificato" per la Pubblica Amministrazione (FAP mi pare) e poi immagino tu invece abbia tentato l'aggiornamento con un pacchetto diverso, cioè magari scaricato qui da joomla.it o addirittura da joomla.org...
Se hai seguito questa procedura e non hai fatto prima il backup del sito temo che tu debba rifare tutto da capo buttando via il lavoro fatto fino ad ora...
Spero qualcuno mi possa smentire... ma temo invece d'aver ragione. Ciao.