A me una volta è capitata una cosa simile che però probabilmente non centra con il tuo caso.
Ad ogni modo, riscontravo il file htaccess modificato e cercando di visualizzarne il contenuto, risultava apparentemente vuoto o meglio, pieno di caratteri strani o tipo spazi.
A me non reindirizzava ma, su alcune pagine, si bloccava il caricamento per timeout.
Risolsi sistemando htaccess e modificando password di accesso all' admin del server......