Non si capisce cosa hai fatto, se il problema è solo il prefisso delle tabelle le cambi nel configuration.php e sei a posto. Se invece non hai fatto nessu backup (export) del db non puoi considerare il backup come un backup completo e non puoi ripristinare nessun contenuto (articoli, utenti, menù, impostazioni, ecc.) solo dai file e cartelle oltre i contenuti media (foto, filmati, loghi, ecc.).