mah, a meno che non mi sia sfuggito qualcosa il php va tanto su Windows quanto su Linux.. e il file .htaccess pure...
C'è qualcosa di sbagliato nel file, nelle modifiche che apporti o, sensazione mia, il provider che ospita il tuo sito è una ciofeca
Qui nel forum è stato trattato solo un milione di volte questo argomento, cerca altri post come il tuo e secondo me finisce per risolvere