Ciao, non puoi aggiornare joomla! da una versione all'altra. Se vuoi passare alla 3.0 la procedura è diversa e si chiama migrazione. Sicuramente avrai sovrascritto tutti i file quindi se non hai un backup a disposizione dovrai rifare tutto daccapo.
Attualmente non ti consiglio di migrare essendo la 3.0 una versione a supporto a breve termine. Attendi la 3.5