cancella tutto ciò che hai in remoto. trasferisci tutti i file locali in remoto controllando che tutti i trasferimenti vadano a buon fine e tra "file non trasferiti" non ci sia nulla. Quindi esporta il database come descritto nella guida (se non la segui non riuscirai mai, non posso rispiegarti tutta la procedura!) ed importalo tramite il phpmyadmin del tuo server remoto (il tuo provider ti ha fornito le credenziali per accedervi). Apri il file configuration.php che è tra quelli che hai caricato precedentemente e modifica le variabili come da guida.
Altrimenti semplicemente installa il componente akeeba backup sul sito locale, crea un backup, vallo a ripescare e carica quello online, dopodichè scarica il pacchetto kickstart (lo trovi online) e lancia quello, si avvierà una procedura guidata che ti chiederà solo le nuove credenziali, non dovrai fare altro che dargliele in pasto e farà tutto lui con file e database