diciamo che per avere la certezza, dovresti vedere l'output html del tuo sito, quindi ti posizioni sulla tua pagina e con tasto destro fai visualizza html o visualizza sorgente (se hai firefox)
nel caso tu usassi firefox puoi avvalerti dell'immncabile firebug
da qui vedi come ti viene restituito l'output html e soprattutto nella parte head vedi i file css che vengono caricati,
quindi o le modifiche le fai su uno di quelli (conoscendo il template sarai tu che decidi su quale effettuare le modifiche) oppure ne crei uno tu e lo leghi nell'index.php
comunque creare i div significa creare la struttura o tabella chiamala come vuoi cove sono inseriti icontenuti (ti serve crearla bene per poter spostare ogni minima parte dove vorresti)
per assurdo potevi creare il tuo blocco anche cosi'
<p><jdoc:include type="modules" name="po-1" style="xhtml" /><jdoc:include type="modules" name="po-2" style="xhtml" /><jdoc:include type="modules" name="po-3" style="xhtml" /></p>
ma non avresiti potuto modificarlo piu di tanto, invece nel caso che hai postato tu puoi spostare le informazioni come vuoi,
lo spostamento e' solo la modifica di margin, padding e altri elementi grafici impostati dal CSS.
spero di averti chiarito le idee