a dire il vero a me non succede. e personalmente non penso sia joomla a generare il problema; nei 'miei' vari siti il collegamento alla home è sempre stato '/' e non ho mai avuto problemi di pagine duplicate (ed anche se fosse, è una sola, quindi non è un problema). ripeto: verifica di non linkare una volta a / ed una /index.php.
e qui mi fermo, senza voler convincere o convertire nessuno: cerco di evitare questa sezione perché è quella più soggetta a 'guerre di religione'
comunque, secondo me, ciò che cercavi è questo:
RewriteRule ^index\.php$ / [R=301,L]
== edited
come non detto, va a cozze con il resto del sef di joomla che redirige tutto ad index.php!
ciao,
marco