Ciao,
guarda:
- se il template ha la gestione dal backend della favicon.
- se la tua favicon è nella root della cartella del template in uso
- se non hai un'altra favicon di joomla nella root del sito.
In quest'ultimo caso, sovrascrivila con la tua.
Per vedere se e cosa c'è nel tuo spazio web, con firefox basta che apri una pagina del tuo sito e col tasto destro scegli "Visualizza informazioni pagina" ---> Secondo tab (Media)
e vedi dove sono le favicon con i percorsi e che aspetto hanno
Ciao!