Il colore di background dello stato active lo trovi a questa voce:
.navbar-inner, .nav-list > .active > a, .nav-list > .active > a:hover, .dropdown-menu li > a:hover, .dropdown-menu .active > a, .dropdown-menu .active > a:hover, .nav-pills > .active > a, .nav-pills > .active > a:hover, .btn-primary{
ti consiglio, se non lo hai ancora fatto, di scaricarti sul browser Firebug, è molto comodo!