Ciao,
non so se sia fattibile (io perlomeno non l'ho mai fatto) nè saggio, ma nel backend, gestione template, potresti duplicare il tuo template (esiste un pulsante specifico), la prima copia, con il logo modificato lo applichi solo alla home, tutte le restanti esclusa la home alla copia del template.
Prudenza comunque e sempre una bella copia di backup del sito prima di fare interventi intrusivi