I plugin di tipo Content hanno diversi metodi cui agganciarsi, ad esempio OnContentBeforeDisplay e onContentPrepare, l'ordine dei plugin ha effetto solo se i due plugin usano lo stesso metodo, e sono così corretti da restituire l'output (senza modificare il testo dell'articolo, ma ritornando l'html). Diversamente, la faccenda si gestisce solo da codice.
Quindi per prima cosa se non usano lo stesso metodo, modificane uno dei due;
Se (dopo aver pulito la cache) non funziona, allora devi entrare all'interno dei due metodi, assicurarti che invece di modificare l'articolo facciano un return $markupDaAggiungere, e alla fine ricontrolla il template / template override per assicurarti che faccia un echo del risultato dei metodi.
Per pulire velocemente la cache mentre sviluppi puoi usare
http://www.fasterjoomla.com/joomla-little-helper