No non devi mettere nessun template modificato in nessuna cartella. Parlavo di stile, in pratica se il template lo permette, puoi modificare alcuni parametri come colori, tipo e grandezza font, ecc. e puoi salvare questo stile (duplicare forse non è il termine giusto che ho usato prima) ed assegnare questo nuovo stile direttamente dalle voci di menù. Comunque puoi, se il template non ti permette grosse modifiche di stile, proprio duplicarlo, lo fai sempre da gestione template ed in questo ultimo caso ti ritrovi proprio già pronto ed installato un nuovo template identico che puoi modificare anche direttamente da css.