Ciao Peppeirace,
Se il codice "malevolo" è nell'articolo, anche migrando non risolvi: gli articoli sono salvati nel Database e non nei file di Joomla.
La cosa più rapida è mettere off-line tutti i siti "incriminati".
Sovrascrivere, per sicurezza, tutti i file di Joomla! con la stessa esatta versione (se un sito è in joomla 1.5.26 gli sovrascriverai i file della stessa verisone).
Con PHPmyadmin, e qui sta la solfa, ti spulci gli articoli, se individui un "pattern" e sei in grado, ti fai una query di update per rimuovere tale "pattern" da tutti gli articoli (risparmieresti giorni e giorni di lavoro)
il Database e ogni sua modifica evita di farla su una copia sola, fatti una bella export, lavoraci, se qualcosa va storto ricominci re-importando il DB che avevi salvato.
Infine rimetti tutto on-line.
Ecco, io fare icosì se mai mi dovesse capitare