Allora ho risolto così.
Risolto è una parola grossa dato che i dubbi restano.
La versione che avevo online si è bloccata e secondo me aveva aggiornato il database e non i file.. almeno ci speravo.
Quindi ho rimesso online un backup.
Nel sito offline mezzo aggiornato ho fatto un upload alla vecchia.
Poi da gestione ho aggiornato il database.
Problema enorme, il superadmin era offline...
La password cripata era stata cambiata nel database... BO
Fatto copia incolla del codice della password dal db di backup e sono di nuovo online.
Adesso ho il sito aggiornato online e tutto funziona.
...fino al prossimo aggiornamento..