Ciao!
Da come è stato impostato il file httpd.conf, dubito che riesca a passare per il file index.php indicato da xplosion ...
1) Io riporterei il file di configurazione di apache come all'origine (tanto per capirci ripristinerei la DocumentRoot a C:\xampp\htdocs e così anche l'altra direttiva);
2) a questo punto farei la modifica indicata da xplosion però così: header('Location: '.$uri. '/mio_sito/');
3) a questo punto se digiti
http://localhost dovresti visualizzare il vecchio sito e se digiti
http://localhost/joomla, dovresti vedere il nuovo.
Spero ...
PS - Naturalmente dopo ogni modifica al file di configurazione di apache, ferma e riavvia il servizio