Ok ho risolto.
Nella sezione CONFIGURAZIONE GLOBALE del sito, avevo impostato le opzioni SEO su "SI", questo perché nel vecchio sito 1.5.26 era configurato cosi'
Mi è bastato selezionare "NO" in tutti i campi presenti dentro "Impostazioni SEO" per avere il sito pronto per la visualizzazione con i link dei menu corretti