Dipende dalle impostazioni del servizio di backup, non tutti hanno lo stesso comportamento....
In linea di massima
le vecchie cartelle, quelle del backup giornaliero e settimanale, avranno anche loro il virus in relazione a quando lo hai individuato.
Se il tuo sito è ripulito, quando ilo sistema farà il backup sovrascriverà quello vecchio.
Io per essere sicuro girerei la domanda al servizio di hosting