Con la versione 3 di J qualcosa è cambiato, ovvero coesistono Moo e JQ.
Se prima in un template o in un estensione si usava addScript ora qs non è più opportuno poichè potremmo trovarci JQ già caricato.
Questo è il primo problema e si risolve semplicemente usando JHTML
JHtml::_('jquery.framework');
Se già non è stato caricato jquery -> carica JQ (libreria di Joomla, non il vostro)
Non conviene far convivere più versioni di JQ per mantenere script datati, la versione della libreria, solitamente l'ultima stabile, dovrebbe bastare per tutto.
Se volete vedere se JQ è già stato caricato in altro modo:
JFactory::getApplication()->get('jquery');
Se volete caricarlo:
JFactory::getApplication()->set('jquery', true);
Però ci sono altre problematiche, ovvero quali funzioni sono jq e quali moo?
(Questo è il principale motivo di malfunzionamento... es" pippo() is not a function...")
semplice, per risolvere i conflitti usate uno di qs metodi che sono validissimi:
http://learn.jquery.com/using-jquery-core/avoid-conflicts-other-libraries/