ignoro le motivazioni che ti spingolo a lavorare al di fuori da Joomla (ma immagino che sia perchè usi qualche altro programma esterno) ma puoi sviluppare un componente per joomla che sia una una sorta di porta d'accesso per la tua pagina php- L'unico inconveniente è che dovrai trovare un modo per consentire al componente di sapere che chi sta dando istruzioni da fuori è veramente la tua pagina php e non uno sprovveduto qualunque.
Il componente potrebbe mettere a disposizioni tante "api" quante il numero di operazioni che la pagina php deve poter fare sul database (es. inserisci, modifica, cancella, ottieni) e potrebbero essere di questo tipo (stiamo parlando sempre di url di pagina):
- index.php?option=com_componente&task=ottieni
- index.php?option=com_componente&task=cancella&id=30
e così via... Sta a te però pensare alle soluzioni di sicurezza per evitare il peggio lavorando al di fuori di Joomla!