Ciao,
anche io ho un certificato let's encrypt, un unico certificato per i domini miosito.com,
www.miosito.com e server.miosito.com generato con certbot sul mio pc, verificaro con l'upload di files e installato da cpanel manualmente (è inoltre un hosting condiviso, quindi non ho pieno accesso al server).
Quando accedo a cpanel attraverso
https://miosito.com:2083 (che non è la tua porta, ma è comunque una porta diversa da 443) lo stesso certificato è valido.
I certificati sono "porta-indipendenti". Puoi attaccare un paio di screenshots per capire meglio?Che domini copre il certificato?