Problemi di CPU? a meno che dal tuo portale non partano delle select * su miliardi di tabelle, cosa altamente improbabile, non vedo come possa un sito in joomla mandare in overflow la cpu. Per i cron, ci sono dei comandi, tuo hosting permettendo, che puoi settare direttamente da plesk/cpanel.
Nel caso cmq di file temporanei/cache, puoi da amministrazione settare il cms a non memorizzare cache.