Ciao tomtomeight,
no, non credo che dipenda dal template.
Si, certamente il plugin del framework si aggiorna comunque, quello è indipendente dal template.
Ma nel caso di Gantry5 e quindi del template "hydrogen" se fai la copia fisica dei file in una cartella alla quale assegni un tuo nome di fantasia come descritto nel video, poi in caso di aggiornamento del template questo va ad aggiornare la cartella originale del template, sovrascrivendo anche la index.php ecc... ma la tua copia del template rimane non aggiornata, rimane quella che hai gestito ed eventualmente modificato manualmente tu e non rischi di perdere le eventuali modifiche ai file che hai fatto.
Il file di XML di aggiornamento del template lo "costringe" a sovrascrivere la sua cartella originale di cui conosce il nome, mentre non può sovrascrivere i file nella cartella della tua copia del template, non ne può conoscere il nome che gli hai dato.
Mentre ovviamente se duplichi lo "stile" del template allora tutti i nuovi stili che crei prendono l'aggiornamento del template.