devi adottare una tecnica che si chiama override e che vale per tutti i file esclusi i CSS (ma anche no, ma dipende da vari fattori)
ogni template ha una cartella /html destinata proprio a questo.
Si riproduce in quella cartella il percorso del file modificato, ad esempio, parterndo dalla cartella /html:
/html/modules/mod_pippo/nome_file_modificato.php
naturalmente quel percorso varierà in base al modulo, componente o plug in
per i CSS la cosa è un pò più semplice, di fatto basta aggiungere nel file css principale del template, in fondo, la stessa regola avendo cura di inserire i!important dopo la dischiarazione.
la cosa si potrebbe complicare un pò se utiliziamo un template di cui siamo soggetti ad aggiornamenti, in questo caso potrebbe essere più utile inserire un nuovo file css vuoto dove inseriremo tutte le modifiche che riguardano gli stili, avendo cura di inserire la stringa che lo richiama nel file index.php subito dopo le stringhe che ne richiamano i css del template: così facendo avremmo la certezza che il codice scritto avrà la preferenza rispetto a quello corrispondente degli altri file css.
per quest'ultima operazione si potrebbe anche ovviare con un bel
@import url("http://www.nomedomain.com/nome_file.css");
inserendolo in fondo al file dopo l'ultima regola css
Inoltre ci sono altre considerazioni da fare, come quante e di che entità sono queste modifiche
dimenticavo, ci sono 2/3 articoli e molte discussioni che trattano nel particolare l'override dei file php.