Ciao jonny89,
se la 3 ha le estensioni che servono a realizzare il tuo sito, parti con quella.
la realizzazione di un sito è una cosa, il suo vestito un'altra... Non dovrebbero essere in relazione diretta, quindi... no non è tassativo ma più comodo, direi, usare il template definitivo.
nessuno, salvo che dovrai eventualmente spostare i moduli assegnati a certe posizioni se i nomi non coincidono (come probabile).
se non sei superuser certe parti del backend non le vedi o non puoi cambiarle.