al limite penso sia una differenza tra le versioni del programma di esportazione, ma che sia indipendente dalle dimensioni, a meno che tu non abbia settato impostazioni differenti.
comunque in realt si tratta dello stesso file, solo che in questo caso compresso. se una volta scaricato lo decomprimi avrai un file di testo perfettamente visualizzabile/modificabile. ergo non si tratta di formati differenti. gzip un 'programma' di compressione del mondo linux, nulla pi.
dato che si tratta dello stesso file, la risposta alla domanda "quale usare" diventa, per cos dire, oziosa; in caso di linee a bassa (molto bassa) velocit conviene usare il formato compresso.
per il resto il formato compresso a pi senso in upload per non incappare in limiti della dimensione del file trasmesso.
ciao,
marco