ciao,
ci sono numerosi post in questa sezione per tali problemi, ti invito a leggerli.
in soldoni, la situazione è che, una volta che il sito è stato 'bucato', non ti puoi più fidare di niente che sia sul file system. è molto probabile che da qualche parte ci sia una shell o un cavallo di troia e l'unica soluzione è ripartire da un'installazione pulita salvando solo db ed immagini.
potrebbe essere una buona occasione per passare a J3.2
ciao,
marco