Ciao mozartino,
complimenti per aver scelto Joomla! anhe per il magazine della tua scuola.
l'unico template free che conosco per magazine è YT news disponibile anche per joomla 2.5 (per la 3 non lo so). E' gratuito ed è disponibile anche in quickstart (quindi già pronto ed organizzato con contenuti e moduli di esempio).
Per quanto riguarda il dominio i siti .gov.it - come ti ho già detto - devono essere tutti accessibili e validati. Se non avete tempo per badare a queste cose è necessario che compriate un dominio a parte, poi non importa dove si trova il sito del magazine, se sullo stesso sapazio dell'altro, ecc... L'importante è che non corrisponda al sito istituzionale.
Il dominio costa meno meno di 10€/l'anno iva inclusa, quindi se lo acquista una classe che cura il progetto (20/30 alunni?) sono meno di 30 cent a ragazzo...