ahhhhh mi "smonti" il mito della "rewritebase"
Può essere che su alcuni webserver sia come da te spiegato, e non ne dubito.
Fatto sta che su alcuni servizi di hosting più o meno famosi è "regola", io la adotto proprio per evitare problemi di visualizzazione pagina, url che puntano dove non dovrebbero etc...
Detto questo però, temo che il webserver su cui si appoggia peppe sia proprio come quelli da te paventati...
Spero di non aver detto castronerie (e al limite correggiamo/ampliamo) la guida presente sui su joomla.it