non è possibile usare filezilla per aggiornamenti all'interno di major version, forse in questi casi, più che di aggiornamento, si dovrebbe parlare di migrazione dei contenuti.
comunque le versioni J1.5 e J3.x sono troppo diverse perché si possano caricare i files sui precedenti ed attendersi che il sistema funzioni.
io uso una procedura di aggiornamento tutta mia: metà assistita da componenti come JUpgradePro, metà fatta di interventi diretti su DB e file system: si tratta però di una procedura che, sebbene rapida, data la difficoltà tecnica, non consiglierei mai a nessuno che non sia un programmatore/sistemista senior.
questo era il motivo per cui ti consigliavo la sezione dedicata del forum, astenendomi dal dare consigli di difficile messa in pratica.
ciao,
marco