In quale cartella lo decidi tu, esempio crei nella root del sito la cartella shop, installi il tuo ecommerce e poi fai una voce menù del tipo url esterno con url xx .tuosito.xx/shop. Un altra possibilità è installarlo in un sottodominio, nel qual caso crei il sottodominio che vuoi, esempio shop.tuosito.xx in cui installi il tuo ecommerce, anche in questo caso da joomal puoi accederci con una voce menù tipo link esterno nel qual caso l'url diventa il sottodominio shop.tuosito.xx