Per il momento mi rispondo da solo.
Ho provato ad aggiornare il sito in remoto ed il problema non si è verificato, dunque presumo che sia qualche problema del server locale. Ora dovrò verificare.
Per quanto riguarda il file originale, se mantenuto (anzichè quello della nuova versione), ho verificato che il login avviene correttamente solo per l'utente amministratore creato durante l'installazione, mentre per tutti gli altri dopo aver premuto il tasto accedi, si presenta la pagina del login e non è possibile accedere all'area riservata, nemmeno se si crea un altro utente "Super User". Funziona solo e solamente quello creato durante l'installazione di Joomla, quindi è necessario mantenere il nuovo file joomla.php
Se qualcuno ha qualche dritta da darmi su cosa verificare in locale ne sarei molto grato.